Hola.
Seguramente SQL Server CE es la opción más práctica para trabajar con Windows CE.
Otras bases de datos alternativas pueden ser:
IBM DB2 Everyplace
Oracle Database Lite Edition
iAnywhere ASA
iAnywhere UltraLite
Sequiter Codebase WinCe DBF's
SQLITE WinCe
Y otra solución alternativa, para trabajar con MySQL es utilizar el
ihookdb que sirve para crear una base de datos local en el PPC y después reflejar los cambios en la BD MySQL del PC.
Hay que pagar
licencia, pero puedes probarla durante 30 días.
Saludos.