Ahora si entendi. En tal caso puedes probar usando una variable a modo de bandera (de tipo boolean) y verificarla en el evento closequery
Código Delphi
[-]procedure TFrmMain.FormCloseQuery(Sender: TObject; var CanClose: boolean);
begin
If Bandera then
begin
canclose:=false;
MinimizarVentana
end
else
CanClose:=Application.MessageBox('¿Esta seguro de salir?','Salir',MB_YESNO + MB_ICONQUESTION+ MB_DEFBUTTON2)=ID_YES;
end;
Saludos