En el ejemplo que he puesto, creo que sería así (Si alguien puede aportar algo que lo diga):
El 01/09/2018 la empresa A sucede a la empresa B (fusión por absorción). Con fecha 02/09/2018 la empresa A recibe una factura en la que el NIF del destinatario es la entidad B.
La entidad A registrará la factura en su libro registro de facturas recibidas indicando que la factura recibida tiene su origen en una operación de reestructuración indicando el NIF e identificación de la destinataria, que era la entidad B.
Entonces en el libro de A se registra la factura que le ha hecho otra empresa C a la empresa B. Como la empresa B ya no existe la registra A (que ha sucedido a B) y pone a B como empresa sucedida y contraparte la empresa C que es la que lo emitió.
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Es lo que yo creo. Un poco lioso la verdad