En si pip install fdb no te instala libfbclient2 ese lo tienes que instalar vía
apt-get install libfbclient2
Por lo que se me hace raro que digas que te instala la versión 3.0.
Con fdb puedes acceder a los 2.1, 2.5,3.0 dependiendo de la librería libfbclient2.so que esté instalada en tu sistema.
La última versión de armbian viene con la versión 2.5.4 de libfbclient2
En la raspberry pi puedes ver de que versión dispones ejecutando el siguiente comando
apt-cache show libfbclient2
Si algunas consultas devuelven errores ha de ser por otra razón, y las pistas te las van a dar el tipo de consultas que te regresen el error.
No conozco firebird, pero por lo poco que acabo de leer maneja 3 dialectos sql, ¿Podría ser ese el problema?. Por defecto la función connect pone el parámetro sql_dialect=3, prueba cambiando ese parámetro a 1.
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