Hola jlegido,
A mi me funciona correctamente y envío los registros y recibo un csv válido y en caso de error recibo el error, también me funciona la consulta en caso de consultar una factura ya emitida. No se a que te refieres con añadir los datos de cabecera, puede que sea algo que al pasarlo a xml no hace.
Sobre mi clase
Código:
Partial Public Class siiService Inherits Microsoft.Web.Services3.WebServicesClientProtocol
La tengo así para que funcione el acceso al WS con el certificado.
Saludos