Por si te interesa:
Aqui y tambien
aqui han planteado una cuestion similar.
La verdad es que tal como los explicas (no aportas detalles) cualquiera pensaria que lo instalan con una cuenta de administrador, lo prueban (y funciona, faltaria mas) y despues reinicializan el equipo con una cuenta que no tiene permisos de administrador. ¿Una cuestion de permisos?
Si no se debe a lo anterior: Yo apostaria por el antivirus, como ha mencionado Neftali. Deberias tener en cuenta que los archivos .exe no son "nativos" en el ecosistema java y por lo tanto es probable que JSignPdfc.exe empaquete a un archivo .jar .