Entiendo que una ISAPI debes cargarla con Internet Information Service.
Para instalarlo puedes seguir estos
pasos.
Una vez que este corriendo, para debuguear la aplicación tienes que ir a "RUN->Attach to Process" en donde seleccionas la instancia que creo que la carga como wpw3.exe o algo así.(depende de la versión de IIS que tengas instalada).
Espero haberte sido útil.
Saludos.