No, el chiste de esto es que el instalador haga todo, el usuario solo debe de darle clic en instalar y ya, no hacer más tareas, el keytool lo que hace es instalar el certificado en cacerts de Java, el cual agrego en la carpeta de instalación.
Había mandado a traer desde el Inno Setup el cmd:
Código Delphi
[-][Run]
Filename: ; Parameters: ('keytool -import...')
Pero lo único que hace es mandar a llamar el cmd y no agrega la línea de comando a ejecutar.
Después la sugerencia fue que mandara a llamar un .bat, ahi agregué la linea de comando que necesito pero al ejecutar mi instalador lo hace bien y al final manda llamar el .bat y se queda en un ciclo y no agrega el certificado