Hola sin ser un experto (Aun sigo aprendiendo) te diré que la manera de hacerlo dependerá del contexto de tu aplicación. Habra momentos en que manejar los datos desde la aplicación pueden ser una buena solución; en otros casos no. Como te dije depende.
Aunque lo de aplicar las actualizaciones desde procedimientos almacenados es una opción que estoy pensando aplicar.
Saludos
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