Recorde que MS no soporta el uso de automatizacion de office de modo servidor (osea, desatendido).
Aqui algunas ideas para darle vuelta:
http://bharathkumaran.wordpress.com/...ndows-service/
Sin embargo, es mejor y mas eficiente generar los archivos sin pasar por excel. Por ejemplo usando
http://www.tmssoftware.com/site/flexcel.asp