Por lo que comentas, hay una relacion, uno a uno, entre nro. de socio y codigo EAN13 de su carnet.
Por lo tanto, deberás tener una tabla que relaciones estos dos datos, o en la misma tabla de socios, agregar un campo para el nro. de carnet (EAN13).
Dado que un socio puede perder el carnet y deberás darle otro, y querras marcar el "perdido" como inactivo, para que quien lo encuentre no pueda hacerse pasar por socio, te recomiendo la primera opción.
Código:
// Ejemplo de tabla con un socio con dos carnets, pero uno inactivo.
SOCIO CARNET ACTIVO
123 1234567890123 1
234 6549876543214 1
234 9876543546987 0
Lo único que debes tener en cuenta es si el lector te devuelve los 13 dígtos del carnet o solo los 12 que forman el código (el 13vo es código de control).
Incluso podrías guardar el nro. de carnet como un string, ya que todos tendrán la misma longitud.