Por lo visto parece que el problema es con el cursor del mouse sobre la aplicación.
A mi me sucede que al hacer la consulta en tablas que tienen otras tablas anidadas a través de su DataSource.
Cada vez que cambia el registro del maestro debe abrir y cerrar las tablas detalle anidadas y esto hace que el cursor del mouse cambie de forma (flecha --> reloj --> flecha).
Esto hace que Windows pierda mucho tiempo con ese parpadeo.
Prueba deshabilitando controles antes de ejecutar la consulta.
IMPORTANTE: pon esto dentro de un bloque try..finally para que no quede deshabilitado si hay algún problema.
Código Delphi
[-]
[...]
try
DataSet.DisableControls;
DataSet.Open;
finally
DataSet.EnableControls;
end;
[...]
Si esto no funciona, prueba a deshabilitar el puntero del mouse antes de lanzar la consulta y habilitarlo cuando termine.