Pues no hay problema para correr aplicaciones de 32 bits en sistemas de 64 bits, al igual que, hasta hace poco, no había problemas para correr aplicaciones de 16 bits en sistemas de 32 bits.
http://msdn.microsoft.com/en-us/libr...(v=vs.85).aspx
http://es.wikipedia.org/wiki/WoW64
En realidad lo que hace windows de 64 bits al ejecutar una aplicación de 32 es usar un emulador (WOW64) que se encarga de ofrecer un entorno adecuado a las aplicaciones de 32bits, se encarga de gestionar la memoria ram, de evitar problemas en el registro de windows, etc ... al igual que en las versiones de 32 bits NTVDM y WOWEXEC se encargaban de ejecutar las aplicaciones de 16 bits.
Por otro lado, programar para 64 bits no es complicado, simplemente ten en cuenta que los punteros tienen un tamaño de 64 bits y no de 32 y poco mas. (por si eso no fuera suficiente
)
Saludos