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Yo apostaría a que la culpa son los "INNER JOIN", y posiblemente los tamaños de las tablas y/o los campos. También deberías comprobar si los campos de referencia están indexados (son claves únicas, o externas, o algo) y si las tablas están optimizadas y limpias.
Sin saber la estructura completa y tamaño de la base de datos, poco más podremos decirte.
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