Un hipótesis de lo que pasa:
Originalmente, construías el FileStream pasándole únicamente el nombre del archivo, es decir, sin especificar la ruta. Al hacer esto, el constructor ubica el archivo credo en el directorio de inicio de la aplicación. Al ejecutar la aplicación desde el explorador, el directorio de inicio es el mismo que donde está el ejecutable. Al ejecutarlo con interfaz personalizada,
posiblemente el directorio de inicio sea otro. Sería interesante que vieras cuál es ese directorio, en caso de que esté yo en lo correcto. Y si es así, muy posiblemente ahí estén tus archivos perdidos.
// Saludos