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Si me hubieras dicho que utilizas Firebird, te diría que lo mejor es crear una Base de datos por cada empresa, esto además de mantener la información separada, las utilerías de mantenimiento (respaldos, revisiones, etc, etc) se vuelven mucho más sencillas cuando es una base de datos por empresa.
Pero, como mencionas que es SQL Server 2008, la mejor opción es tener una base de datos y manejar cada empresa en un esquema distinto, en otras palabras, un esquema por cada empresa, lo cuál te da la misma funcionalidad de tener un archivo de base de datos por cada empresa.
En cualquiera de las dos opciones, tienes que crear la rutina para crear las tablas necesarias cada vez que alguien cree una empresa. Que por cierto, SQL Server tiene las herramientas necesarias para crear el script de creación de todo un esquema completo.
Repito, yo prefiero una base de datos o un esquema por cada empresa, porque así me es mucho más sencillo el mantenimiento de la información. Pero si a ti no te importa hacer respaldos de 1, 5, 20, 100 ó más gigas, pues no veo problema en mantener una sola base de datos con todas las empresas.
Saludos.
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