Como inicias tu programa? con el famosos
registro de windows (HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Run)
O poniendo un
acceso directo en el menú inicio de usuario....
Pues por alguna razón me ocurrió algo no tan similar con una aplicación que hice para ejecutarse al iniciar windows....
Ya que yo utilizaba el registro de windows para iniciar mi programa.
Y luego el programa no realizaba las tareas adecuadas pues Windows no se había terminado de cargar, por lo que mi programa quedaba "nulo"
Así que, tal vez, el problema puede ser la manera de iniciar tu aplicación; puedes intentar poniendo un acceso directo en el menú inicio y
VERIFICAR que pasa 
Saludos!