En Windows Xp
Cuando yo hice una aplicación de mensaje al iniciar Windows Xp
(Epocas de novatillo.... Aunque lo sigo siendo )
Para que el usuario no pueda hacer nada más que oprimir el Botón "Aceptar"
Yo cerraba el proceso "explorer.exe" y mediante un timer controlaba que no se vuelva a ejecutar.
De paso negaba los permisos de entrar al control de procesos (mediante el Ctrl+alt+spr) para que el usuario esté obligado a aceptar mi mensaje de bienvenida sin "cerrar mi programa"
Despues que el usuario oprimía el botón. La aplicación volvía a la normalidad todo el escritorio....
Puedes empezar por investigar como cerrar procesos de Windows.
Aunque al cerrar el explorar.exe, se cierran todas las ventanas abiertas....
Por lo que tal vez no te sirva