[MartinS]

Hola: Como puedo apreciar (Puedo esta equivocado) las fechas se la pones a mano antes de la ejecucion de las instrucciones del button1. Lo que deberias hacer es la comprobacion antes de ejecutar las sentencias asi:

Código Delphi [-]
procedure TConsultas.Button1Click(Sender: TObject);
Var
VarFecha1, VarFecha2:string;
begin
        // aca la comprobacion
        If DateTimePicker2.Date < DateTimePicker1.Date then   // Cambio sentido de mayor a menor
        Begin
            showmessage('La segunda fecha del rango es menor a la primera');
            DatetimePicker2.SetFocus;
        end     
        else
        Begin 
          VarFecha1:=FormatDateTime('mm/dd/yy', DateTimePicker1.Date);
          VarFecha2:=FormatDateTime('mm/dd/yy', DateTimePicker2.Date);
          IBQuery1.SQL.Add('AND D.FECHA >= ' + '''' + VarFecha1 + '''' );
          IBQuery1.SQL.Add('AND D.FECHA <= ' + '''' + VarFecha2 + '''' );
          If (CheckBox1.Checked=False) and (CheckBox2.Checked=True) and (CheckBox3.Checked = True) then
                               Begin
                                    TotalRegistros();
                                    EjecucionPorFecha();  // <----- Elimina esta linea
                                    Excedidos();
                                    Ordenar();
                                    IBQuery1.Open;
                              End;
       end;
End;

Asi la ejecucion directamente no arrancara hasta tanto la segunda fecha no sea mayor que la primera. Si no es esto lo que necesitabas, avisa y volvemos a intentarlo.-

Saludos