Pues más que mantenimiento en el sentido de borrar basura o similares yo miraría la forma de optimizar los querys, evitando hacer procesos innecesarios y además creando más indices para que los querys mejoren en velocidad... también evitaría sentencias tales como:
Código SQL
[-]
where t1.Codigo in (select t2.CodigoRelacion from XTabla as t2)
y los cambiaría por algo como
Código SQL
[-]
where exists (select t2.CodigoRelacion from XTabla as t2 where t2.CodigoRelacion = t1.Codigo)