Hola. Más que saber por qué puerto te llega la señal, creo que deberías saber qué dispositivo te la envía.
Me explico: cada dispositivo USB lleva asociado un PID y un VID únicos, que dependen del fabricante y del dispositivo. Supongo que estos dos serán iguales en todos tus lectores. Sin embargo, creo que también incluyen una especie de ID único por dispositivo, como la MAC de los USB.
Aquí se habla de ello:
http://stackoverflow.com/questions/6...usb-key-from-c
Aunque está para discos duros, en C# y en inglés, me imagino que la idea también valdrá para el resto de dispositivos.
Ya nos cuentas que tal.
Un saludo,
LoPiTaL