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Depende.
Si estás seguro de que únicamente vas a conectarte con un único tipo de bases de datos, lo mejor es usar la biblioteca nativa (mysql.h en este caso). Sin embargo, si quieres que tu programa pueda conectarse con diferentes tipos entonces ODBC es mejor, pues de lo contrario deberás incluir todas las bibliotecas nativas e implementar todos los métodos de acceso, mientras que ODBC ya lo tiene hecho.
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