Hola Tonio, he estado algo liado ultimamente, por eso no he podido contestarte antes
Tienes razon, ese problema que comentas ocurre porque al llevar hasta arriba uno de los splitter, el control que está justo arriba deja de tener Alto (Height), y el splitter deja de funcionar correctamente.
Una solucion es poner al control que está arriba los Constraints, es decir, un tamaño mínimo para que no se oculte del todo. Si eso no es viable, entonces creo que yo lo resolví por código, es decir, al mover el splitter en cuestion, reasignar las propiedades de Align a los dos controles, es decir , al control que se queda oculto y despues al splitter.
Creo que así obtendrás los resultados que deseas.
Un saludo