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Hola.
Dentro de tu aplicación puedes atacar simultaneamente a las bases de datos que quieras, solo tienes que crear conexiones para cada una de ellas independientemente.
Sobre el por qué no se usa mucho MySql por aquí la verdad es que son suposiciones porque yo no uso ni MySql ni Firebird pero creo que Firebird tiene más prestaciones que MySql y puestos a elegir....
Saludos
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