Arturom ya ha contestado, pero voy a completar su respuesta.
Los sistemas *NIX no definen el directorio de trabajo como lo hace CP/M y sus derivados (Windows, DOS, ...). Estos sistemas no utilizan como tal el directorio desde el que se llama el programa sino el directorio de usuario ($HOME)*. Te recomiendo que le des un vistazo a
Filesystem Hierarchy Standard que explica un poco cómo funciona la jerarquía usada la mayor parte de aquellos sistemas, y así sabrás dónde guardar los ejecutables, las bibliotecas y los datos (cada cosa va en un directorio diferente).
Edito: Si "dentro" de Lazarus funciona diferente, es porque ejecuta el programa redefiniendo el entorno para tenerlo controlado. Si no recuerdo mal, se puede modificar la configuración para indicarle el archivo de trabajo de forma explícita.
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Nota: Alguno me dirá que que cuando se usan comandos o parámetros en la línea de comandos del tipo "gcc fuente.c -o binario" sí se define como directorio de trabajo el directorio desde el que se hace la llamada, pero esto no así. Lo que pasa en estos casos es que el intérprete de comandos, cuando no identificar los parámetros como tales, supone que se trata de rutas relativas y lo que hace es sustituirlo por "gcc $PWD/fuente.c -o $PWD/binario". La prueba es que si no se indica el archivo binario, el compilador creará el archivo "a.out" en $HOME y no en el directorio actual (si miráis el código fuente de gcc veréis que se limita a abrir el archivo "a.out", sin ruta). Y también por esta razón (casi) todos los programas definen sus parámetros como cadenas que empiezan con el caracter "-", para que no los expanda el intérprete de comandos.
Como curiosidad, si haces cosas como "gcc * -o binario", el intérprete de comandos expande "*" y lo sustituye por la ruta completa de los archivos del directorio $PWD, por lo que no es necesario que el programa busque los archivos por sí mismo.
Hay que tener en cuenta que no todos los intérpretes de comandos funcionan igual, y hay algunos que no usan $PWD implícitamente, e incluso que no expanden los comodines "*" ni "?".