Yo no creo que vayas a notar la diferencia a nivel de rendimiento. Total un entero son 4 bytes y estas claves son de 16 bytes, tampoco es que estés sobrecargando de mala manera el sistema.
Donde si vas a notar un gran cambio es en la comodidad de acceder a la base de datos. Y es que para lanzar consultas individuales no es lo mismo la comodidad de consultar el registro 24521 que consultar el registro e3aa1e81-0025-44ee-a83b-83a5a8929d3d
NOTA: Para poner el valor de la UUID en este formato hexadecimal, legible para nosotros, tienes que usar esas funciones CHAR_TO_UUID y UUID_TO_CHAR
Olvídate del rendimiento, eso es lo de menos.
Respecto a como definir un charset específico para unos determinados campos. Puedes definirte, por ejemplo, este dominio en la base de datos. Ahora cualquier campo que definas con este dominio, ya tendrá el tipo y charset adecuado.
Código SQL
[-]CREATE DOMAIN UUID AS VARCHAR(16) CHARACTER SET OCTETS;