Entiendo la problemática.
Se podría hacer desde Windows siempre y cuando
Windos pudiera acceder (lectura y escritura) a la partición o disco
donde esté instalado Ubuntu, en concreto al fichero /boot/grub/menu.lst.
De forma nativa no puede acceder, pero creo hay controladores para
Windows que permiten el acceso a discos en formato ext3, lo que no sé es si permiten escribir en ellos.
Mira en este hilo por si te da alguna idea:
http://lists.opensuse.org/opensuse-e.../msg00457.html