Para utilizar el procedimeinto MKDir y poder crear una sub-carpeta(Sub-directorio) debes especificar un
Path correcto que contenga la ruta completa+ el nombre de la nueva carpeta y no el path de un archivo
como se ve que lo estas haciendo.Otra cosa que debes tener cuidado al usar MkDir es que si ya existe un directorio(una carpeta) con el mismo nombre, te va generar un error.
.
He aquí un ejemplo sguiendo tu código:
Código Delphi
[-]...
MKDir(ExtractFilePath(s1.FileName)+'MiNuevaCarpeta');
l.lines.SaveToFile(ExtractFilePath(s1.FileName)+'MiNuevaCarpeta/'+ExtractFileName(s1.FileName));
...
Saludos...
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"Pedid, y se os dará; buscad, y hallaréis; llamad, y se os abrirá." Mt.7:7