si los programas los tienes con alias, y los dos programas acceden a las mismas tablas de los dos directorios, lo que harias es configurar los dos alias para que apunten cada una al mismo directorio y pner ahi las tablas de las dos aplicacions o si es al reves, es decir, que cada una tenga su directorio, apunta los alias a cada directorio diferente.
espero te sirva
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