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A mi me pasaba algo similar ya que tenía también un rudimentario sistema casero de versiones, hacia mis respaldos y todo y cuando necesitaba hacer un "fork" o bifurcacion, copiaba la carpeta completa del proyecto a otro lado y trabajaba en la copia. Un día me dí cuenta que los archivos que me aparecían abiertos al momento de abrir el proyecto (supongo que es el desktop o algo así), en realidad correspondían a la copia anterior del proyecto ya que hacia cambios en esos archivos y cuando compilaba, misteriosamente parecía que no había hecho ningún cambio. Opté por cerrarlos cada vez que abría el proyecto pero entonces el IDE se obstina en generar mensajes de violación cada vez que quiero compilar.
Aunque sé que es un detalle con como hice la copia y como se estructura el archivo prj, mejor deje todo como estaba y simplemente ignoro lo que ya esté abierto al momento de abrir el proyecto. Desde ese día uso subversion y ya me evité todos esos problemas, al principio cuesta trabajo pero ya acostumbrándose es muy útil poder regresar a una x versión "cuando aún no hacía tal o cual cambio" o bien hacer "forks" y modificar sin temor a meter la pata.
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