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MySQL te funciona igual en linux que en windows, no hay prácticamente ninguna diferencia.
Me late que la arquitectura de su plataforma de redes es un mucho deficiente. Ya que bien podrían implementar que todos pudieran cambiar lo que quieran sin depender de "un encargado de sistemas" ahí el el DF.
Si ya tienes todo en MySQL ni pierdas tu tiempo con SQL server, sobre todo pq vas a usar PHP el cual ya trae soporte nativo para ello.
Lo que tratando de entender lo que pusiste deduzco es que tu empresa quiere montar varias aplicaciones alojadas en servidores diferentes pero usando un mismo dominio. El servidor que tienes ahi en puebla te puede servir pero tienes forzosamente que tener acceso al servidor del DF para alojar tus scripts que hagan uso de tu servidor de Puebla según el caso.
Yo por ejemplo tengo un cliente al que le montamos un servidor con un proveedor x, pero muchas aplicaciones (chat, ERM, etc.) corren en su propio servidor por lo que en la página principal hay que hacer lo ajustes para que se llamen a las aplicaciones segun se requiera.
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