Solucionado.
La aplicación hacía uso de la libería rapi.dll para acceder a las PDAS. En el caso de windows vista/7/2008 que no tuviese instalado el centro de movilidad no tenía esa librería y yo le pasaba la que tenía yo de XP y ese es el problema. Hay que pasarle la rapi.dll nueva que se instala y aunque no tenga instalado el centro de movilidad ya va bien.
Un saludo.
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