HI...
echale un vistazo a esta web...
http://www.desarrolloweb.com... tiene full tutoriales ejemplos y temas.
En esta otra web..
http://www.librosweb.es/ ... puedes descargarte en PDF unos libros que te ayudarán muchisimo.
Si quieres un IDE de código abierto como te dicen está NetBeans... aunque tanmbién está
Eclipse.
Con respecto a los diseños, debes echarle ojo a
CSS...
Aquí unos ejemplos.
Las animaciones y cosas así... se hacen en flash si y hasta tiene su propio lenguaje como bien dices... pero el problema de flash es que no es muy amigable con los buscadores... entonces algunos diseñadores, han optado por usar
JQuery o
MOTools para los menus, sliders, acordiones, etc...
Si quieres generar
AJAX desde PHP, echale un vistazo a
XAJAX. Son unsa librerias que te ahorran el estar manipulando JavaScript y haciendote un ocho todo el tiempo.
AHora si lo tuyo definitivamente es java, depronto quieras echarle mas bien un vistazo a
JSP...
aquí unos tutos... y ahí si definitivamente el IDE que te recomiendo es
NetBeans sin descartar a eclipse que tiene muy buen soporte para
JEE.
Saludos y buen remar.