¿No es posible que el "default path" de la aplicación sea otro?.. o sea que se este ejecutando mediante un acceso directo donde se definió otro default path.
Te recomendaría sera algo mas amplio en el mensaje de error, por ejemplo:
Código Delphi
[-]
ShowMessageFmt('Aplicacion Dañada!'#13#10'No se encontró el archivo de configuración: %s',
[ExtractFilePath(Application.ExeName) + 'conf.ini']);
Saludos!