No entiendo para qué quieres el ciclo
for. Según tu descripción, los campos que te interesan son el 1 y el 2, así que bastaría que tomes directamente su valor: $fields[1] y $fields[2] en cada vuelta del ciclo externo, para calcular el importe.
Por otra parte, no soy partidario de acceder a los campos por índice, ya que si en un momento debes insertar columnas en tu tabla, el índice puede cambiar, y con ello todas las consultas que los usaron.
Puedes usar mysql_fetch_assoc para acceder a los campos por nombre:
Código PHP:
<?php
while ($fields = mysql_fetch_assoc($result))
{
$colegiatura = $fields['colegiatura'];
$porcentaje = $fields['Porcentajebeca'];
$importe = $colegiatura*(1 - $porcentaje/100);
}
?>
// Saludos