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Hola.
No se pueden realizar consultas cruzadas entre dos bases de datos. Las dos alternativas (1 única base de datos o 5 bases de datos independientes) tienen sus propias ventajas y inconvenientes.
Normalmente me inclinaría por las Bases de Datos independientes (y acaso poner los datos comunes en otra base de datos general). Aunque el hecho de que no se puedan realizar consultas que unan datos de tablas en distintas bases de datos, te fuerza bastante a usar una única Base de Datos (en el caso de que vayas a necesitar consultas de ese tipo).
Saludos.
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Marc Guillot (Hi ha 10 tipus de persones, els que saben binari i els que no).
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