Para saber como hacer aplicaciones que funcionen 100% correcto en la plataforma de Windows, es bueno revisar lo que el propio MS dice en su programa "Certificado para windows".
Un documento de base se puede ver en:
http://ampalliance.org/blogs/microso...uirements.aspx
La realidad es que muchos desarrolladores ignoran que MS publica las mejores practicas de desarrollo para su plataforma y que el no seguirlas es por mucho una de las causas principales de lios, inestabilidad del sistema, problemas de seguridad y demas.
Algo adicional para chequear: Nunca, pero nunca jamas, escribas en archivos dentro de "Program Files", esa es una carpeta privilegiada y mucho mas en Vista/Windows 7...