hmm creo que no entiendo vamos por partes:
Creas un archivo llamado script.sql con el siguiente contenido:
Código SQL
[-]
Drop Database Empresa if exists;
Create Database Empresa;
use Empresa;
CREATE TABLE tablaPersona
(
codigo char(5)
);
Fijate que puse el create database
dentro del script, no dentro del archivo bat
luego dices a sql que ejecute ese script de la siguiente forma:
mysql -uroot -proot
mysql < script.sql