Nunca habia visto una consulta taaaaaaan larga, me parece que el diseño de la misma es deficiente ya que utilizas al parecer varias consultas anidadas. Recordemos que las consultas anidadas se realizar por CADA consulta principal que la llame, de ahí el motivo de que mientras más registros más tarda la consulta.
Una consulta bien diseñada no debe de ser afectada por el número de registros que se tengan.
Por otro lado, no siempre se puede solucionar todo con una sola consulta, a veces es necesario hacer 1 o 2 más y hacer el proceso directamente en nuestro sistema Delphi.
Revisa los selects anidados que pones para saber que bodega es la que estas consultando, me parece que ahi tienes el error.
Te recomiendo que primero hagas un solo select para obtener el id de la bodega que el usuario seleccionó y una vez obtenido, solamente sustitúyelo en todos los selects que pusiste.
Algo así:
Código Delphi
[-]
IBQUERY1.CLOSE;
IBQUERY1.SQL.Clear;
IBQUERY1.SQL.ADD('SELECT ID FROM BODEGA WHERE NOMBRE ='+quotedstr(scombobox1.text));
IBQUERY1.Open;
cve_bodega := IBQUERY.FieldByName('ID').AsInteger;
IBQUERY1.Close;
IBQUERY1.SQL.Clear;
IBQUERY1.SQL.ADD('SELECT m.cod_insum,M.nom_insum, m.unidad, M.CRITICO, m.rotacion,');
if sComboBox1.ItemIndex <> 0 then
begin
IBQUERY1.SQL.ADD('((SELECT coalesce(sum(cantidad),0) FROM inventario I WHERE I.id=M.cod_insum and tipo ='+QUOTEDSTR('I'));
IBQUERY1.SQL.ADD('AND I.EMPRESA ='+quotedstr(form1.label1.caption));
IBQUERY1.SQL.ADD('AND I.bodega =:bodega';
IBQUERY1.SQL.ADD('AND EMPRESA ='+quotedstr(form1.label1.caption));
IBQUERY1.SQL.ADD('))-(SELECT coalesce(sum(cantidad),0) FROM inventario i WHERE I.id=M.cod_insum and (tipo ='+QUOTEDSTR('E'));
IBQUERY1.SQL.ADD('OR TIPO ='+QUOTEDSTR('T')+')');
IBQUERY1.SQL.ADD('AND I.EMPRESA ='+quotedstr(form1.label1.caption));
IBQUERY1.SQL.ADD('AND I.bodega =:bodega';
IBQUERY1.SQL.ADD('AND EMPRESA ='+quotedstr(form1.label1.caption));
IBQUERY1.SQL.ADD('))) AS SALDO, ((SELECT coalesce(sum(cantidad * precio * tc),0) FROM inventario I WHERE I.id=M.cod_insum and tipo ='+QUOTEDSTR('I'));
IBQUERY1.SQL.ADD('AND EMPRESA ='+quotedstr(form1.label1.caption));
IBQUERY1.SQL.ADD('AND I.bodega =:bodega';
IBQUERY1.SQL.ADD('AND EMPRESA ='+quotedstr(form1.label1.caption));
IBQUERY1.SQL.ADD('))- (SELECT coalesce(sum(cantidad * precio * tc),0) FROM inventario I WHERE I.id=M.cod_insum and (tipo ='+QUOTEDSTR('E'));
IBQUERY1.SQL.ADD('OR TIPO ='+QUOTEDSTR('T')+')');
IBQUERY1.SQL.ADD('AND EMPRESA ='+quotedstr(form1.label1.caption));
IBQUERY1.SQL.ADD('AND I.bodega =:bodega';
IBQUERY1.SQL.ADD('AND EMPRESA ='+quotedstr(form1.label1.caption));
IBQUERY1.SQL.ADD(')))/coalesce(NULLIF((SELECT sum(cantidad) FROM inventario I WHERE I.id=M.cod_insum and tipo ='+QUOTEDSTR('I'));
IBQUERY1.SQL.ADD('AND EMPRESA ='+quotedstr(form1.label1.caption));
IBQUERY1.SQL.ADD('AND I.bodega =:bodega';
IBQUERY1.SQL.ADD('AND EMPRESA ='+quotedstr(form1.label1.caption));
IBQUERY1.SQL.ADD('))-(SELECT COALESCE(sum(cantidad),0) FROM inventario i WHERE I.id=M.cod_insum and (tipo ='+QUOTEDSTR('E'));
IBQUERY1.SQL.ADD('OR TIPO ='+QUOTEDSTR('T')+')');
IBQUERY1.SQL.ADD('AND EMPRESA ='+quotedstr(form1.label1.caption));
IBQUERY1.SQL.ADD('AND I.bodega =:bodega';
IBQUERY1.SQL.ADD('AND EMPRESA ='+quotedstr(form1.label1.caption));
IBQUERY1.SQL.ADD(')),0),1) as UNITARIO, ');
IBQUERY1.SQL.ADD('((SELECT coalesce(sum(cantidad),0) FROM inventario I WHERE I.id=M.cod_insum and tipo ='+QUOTEDSTR('I'));
IBQUERY1.SQL.ADD('AND I.EMPRESA ='+quotedstr(form1.label1.caption));
IBQUERY1.SQL.ADD('AND I.bodega =:bodega';
IBQUERY1.SQL.ADD('AND EMPRESA ='+quotedstr(form1.label1.caption));
IBQUERY1.SQL.ADD('))-(SELECT coalesce(sum(cantidad),0) FROM inventario i WHERE I.id=M.cod_insum and (tipo ='+QUOTEDSTR('E'));
IBQUERY1.SQL.ADD('OR TIPO ='+QUOTEDSTR('T')+')');
IBQUERY1.SQL.ADD('AND I.EMPRESA ='+quotedstr(form1.label1.caption));
IBQUERY1.SQL.ADD('AND I.bodega =:bodega';
IBQUERY1.SQL.ADD('AND EMPRESA ='+quotedstr(form1.label1.caption));
IBQUERY1.SQL.ADD('))) AS SALDO, ((SELECT coalesce(sum(cantidad * precio * tc),0) FROM inventario I WHERE I.id=M.cod_insum and tipo ='+QUOTEDSTR('I'));
IBQUERY1.SQL.ADD('AND EMPRESA ='+quotedstr(form1.label1.caption));
IBQUERY1.SQL.ADD('AND I.bodega =:bodega';
IBQUERY1.SQL.ADD('AND EMPRESA ='+quotedstr(form1.label1.caption));
IBQUERY1.SQL.ADD('))- (SELECT coalesce(sum(cantidad * precio * tc),0) FROM inventario I WHERE I.id=M.cod_insum and (tipo ='+QUOTEDSTR('E'));
IBQUERY1.SQL.ADD('OR TIPO ='+QUOTEDSTR('T')+')');
IBQUERY1.SQL.ADD('AND EMPRESA ='+quotedstr(form1.label1.caption));
IBQUERY1.SQL.ADD('AND I.bodega =(SELECT ID FROM BODEGA WHERE NOMBRE ='+quotedstr(scombobox1.text));
IBQUERY1.SQL.ADD('AND EMPRESA ='+quotedstr(form1.label1.caption));
IBQUERY1.SQL.ADD(')))/coalesce(NULLIF((SELECT sum(cantidad) FROM inventario I WHERE I.id=M.cod_insum and tipo ='+QUOTEDSTR('I'));
IBQUERY1.SQL.ADD('AND EMPRESA ='+quotedstr(form1.label1.caption));
IBQUERY1.SQL.ADD('AND I.bodega =:bodega';
IBQUERY1.SQL.ADD('AND EMPRESA ='+quotedstr(form1.label1.caption));
IBQUERY1.SQL.ADD('))-(SELECT COALESCE(sum(cantidad),0) FROM inventario i WHERE I.id=M.cod_insum and (tipo ='+QUOTEDSTR('E'));
IBQUERY1.SQL.ADD('OR TIPO ='+QUOTEDSTR('T')+')');
IBQUERY1.SQL.ADD('AND EMPRESA ='+quotedstr(form1.label1.caption));
IBQUERY1.SQL.ADD('AND I.bodega =:bodega';
IBQUERY1.SQL.ADD('AND EMPRESA ='+quotedstr(form1.label1.caption));
IBQUERY1.SQL.ADD(')),0),1) * ');
IBQUERY1.SQL.ADD('((SELECT coalesce(sum(cantidad),0) FROM inventario I WHERE I.id=M.cod_insum and tipo ='+QUOTEDSTR('I'));
IBQUERY1.SQL.ADD('AND I.EMPRESA ='+quotedstr(form1.label1.caption));
IBQUERY1.SQL.ADD('AND I.bodega =:BODEGA';
IBQUERY1.SQL.ADD('AND EMPRESA ='+quotedstr(form1.label1.caption));
IBQUERY1.SQL.ADD('))-(SELECT coalesce(sum(cantidad),0) FROM inventario i WHERE I.id=M.cod_insum and (tipo ='+QUOTEDSTR('E'));
IBQUERY1.SQL.ADD('OR TIPO ='+QUOTEDSTR('T')+')');
IBQUERY1.SQL.ADD('AND I.EMPRESA ='+quotedstr(form1.label1.caption));
IBQUERY1.SQL.ADD('AND I.bodega =:bodega';
IBQUERY1.SQL.ADD('AND EMPRESA ='+quotedstr(form1.label1.caption));
IBQUERY1.SQL.ADD('))) AS SUBTOTAL');
IBQUERY1.SQL.ADD('FROM insumos M where m.empresa ='+quotedstr(form1.label1.caption));
IBQUERY1.SQL.ADD('AND (M.TIPO ='+quotedstr('T'));
IBQUERY1.SQL.ADD('OR M.TIPO IS NULL)');
IBQUERY1.SQL.ADD('GROUP BY m.cod_insum,M.nom_insum, m.unidad, m.critico, m.rotacion');
IBQUERY1.ParamByNAme('bodega').AsInteger := cve_bodega;
revisa el tema de parámetros también te puede simplificar la vida. No recuerdo si IBQUERY se comporta igual que TZQuery (de Zeos) que automáticasmente crea los parámetros de acuerdo con el código SQl que uno le ponga. Aún así todavía hay querys anidados que no les veo razón de ser.