Una de las cosas que me disgustan de linux es que cada distribución coloca los programas y sus archivos en lugares distintos. No conozco SUSE (yo hubiera usado ubuntu), pero es muy posible que los programas se encuentren en /usr/local que es donde se instala apache por defecto.
No siempre se colocan los archivos de configuración en /etc. Ahí van muchos que usa el sistema, pero los programas pueden colocarlos en otras partes. Cuando instalas apache manualmente, el httpd.conf se encuentra en /usr/local/apache/conf, pero es muy posible que al instalarlo como lo pone la distribución (SUSE), ella decida hacerlo en otra parte.
pd: ¿Qué tiene de malo carpeta? Directorio, carpeta, son sólo metáforas que se aplicaron al ámbito computacional, cualquiera de las dos es buena.
// Saludos
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