Hola,
Si no hay ninguna "herramienta visual" para realizar lo que quieres, me extrañaría mucho que no pudieras acceder al código fuente, al código HTML del documento que sea menester, e incluir ahí mismo el archivo o archivos Javascript que necesites, utilizando la etiqueta "script" conque cuentas.
Código PHP:
<html>
<head>
<script src="AQUÍ LA URL DEL ARCHIVO" type="text/javascript"></script>
</head>
</html>