Hola,
Ese problema en concreto, no, pero, alguno similar, sí. Por ejemplo, si genero una imagen desde PHP, utilizando alguna "fuente" para ello, y borro el archivo de la fuente en cuestión, Apache se queda "medio tonto", no funciona, y es menester reiniciarlo para que todo vuelva a la normalidad. Claro que esto que te digo no te soluciona nada. Y respecto a lo que dices sólo se me ocurre una burrada a bote pronto: leer los archivos y "crearlos" allí donde fuera menester copiarlos. Podrías probar a ver si no se quema el procesador ni nada.
PD. ¡Luego no me eches a mí las culpas!