[JAV]

Supe hacer algo así con dos funciones:

WinExec: Para ejecutar la aplicación externa.
FindWindow: Para verificar si el formulario principal de la aplicación sigue activo.

Código Delphi [-]
procedure EjecutarYEsperar;
var
  HandleApli: HWND;
begin
  WinExec(PChar('C:\Temp\pepe.exe'), SW_SHOWNORMAL);
  HandleApli := 1;
  while HandleApli <> 0 do 
    begin
      HandleApli := FindWindow(Nil, PChar('pepe'));
      Applicacion.ProcessMessages;
    end;
  // Al salir del ciclo significa que la pantalla principal de la aplicación ya no está activa.
  ...
  // Cerrar aplicación llamadora.
  ...
end;