En WAMP (la version Windows de LAMPP) el archivo es mysql.ini, en linux es el archivo mysql.conf que regularmente se encuentra (en el caso de instalacion LAMPP) en el mismo directorio que los ejecutables.
Refiero LAMPP porque es una excelenta forma de instalar de un jalón todo para un servidor sin tener que liarse con directorios y demás de linux, vaya funciona tan facil como desempacar el archivo gzip en el directorio de tu elección y tan tan, igualmente puedes respaldar todo el servidor con solo hacer un gzip de la carpeta donde instalaste...sencillamente genial.
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