Yo te comento 3 opciones:
1.- Pasa la base de datos a Access 2007. Esta version es bastante mas robusta. Yo lo uso en aplicaciones bajo c# y funciona muy bien. Te evitaras problemas
2.- Usa la version de SQL Server 2000. La puedes encontrar aquí
http://appsportables.wordpress.com/2...sp-3-portable/
3.- Haz portable tu gestor de base de datos. En tu caso tienes este link que te puede ayudar
http://javivf.alasombra.net/blog/?p=885
Espero que te pueda ayudar