Puedes poner un archivo .htaccess en el directorio donde no quieres que se acceda directamente, con el siguiente contenido:
Order allow,deny
Aunque esto funcionará sólo si en la configuración general de apache está habilitado el uso de estos archivos en tu directorio.
Agrego Lo anterior impide el acceso a cualquier archivo, por lo cual no es aconsejable para archivos de javascript puesto que entonces serían inutilizables.
// Saludos
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