Oyee, pues yo uso el IBExpert yno tengo ningún problema. Cuando creo una tabla usando la interfaz gráfica simplemente marco en la columna PK los campos que son clave primaria. De otra forma podrías hacerlo con código:
Código SQL
[-]ALTER TABLE Table
ADD CONSTRAINT PK_Table
PRIMARY KEY (CAMPO1, CAMPO2)
De todas formas estoy seguro de que en EMS SQL Manager es igual.