PNG comprime sin pérdidas, mientras que JPEG sí tiene pérdidas (la imagen pierde calidad), al menos que lo hayan cambiado recientemente. Además, PNG soporta varios niveles de transparencia mientras que JPEG no permite transparencia alguna.
Respecto a otros formatos, pues no estoy muy puesto pero PNG parece ser de los mejores de todos los de uso común (BMP, TGA, GIF, JPEG y PNG).
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