Desde el administrador de dispositivos de window$ tenés la opción de deshabilitar el altavoz del sistema.
Desconozco si realmente es lo que buscas y si realmente funciona, puesto que si alguna app genera una llamada a la interrupción del BIOS para hacer funcionar el speaker no sé si win2k captura la llamada. Espero se entienda, pero lo mas sencillo es desconectarlo fisicamente