[roman]

Dicho así a bote pronto, se me ocurre lo siguiente, partiendo de la base de una empresa ya hecha:

1. Obtienes una lista de las tablas que conforman la base con la sentencia
   

   Código SQL [-]
   show tables from base

2. Para cada nombre de tabla obtienes su estructura con
   

   Código SQL [-]
   show create table tabla

   
   Esto te devuelve un único registro cuyo segundo campo es la sentencia SQL necesaria para crear la tabla.
   
   
3. Creas la base nueva
   
   
4. Aplicas las sentencias obtenidas.

Dependiendo de qué componentes uses para conectar con MySQL es posible que dispongan de métodos más sencillos.

// Saludos